זיהום מים
אחת הסכנות הגדולות כתוצאה מהליך חימום הפצלים בתת הקרקע, היא פגיעה חמורה וזיהום של אחד ממקורות מי השתייה העיקרים של ישראל. כידוע, מדינת ישראל דלה במקורות מים. המים באיכות הגבוהה ביותר )מי השתיה( נשאבים ממספר מקומות. אחד ממקורות המים היא הכנרת המספקת בסביבות- 25% ממי השתייה של ישראל. יתר המים נשאבים ממאגרים תת קרקעיים (מי תהום). אגן ירקון תנינים הידוע גם כאקוויפר ההר הוא אחד משני המקורות הראשיים של ניצול מי התהום בישראל. תפוקת האגן מגיעה בממוצע לכ 400 מיליון מטר קוב לשנה, פצלי השמן נמצאים מעל אחד ממאגרי מי השתייה המרכזיים, המספקים מי שתיה ל כ – 40% מאוכלוסיית ישראל. והוא מספק מים לתושבים בערים תל אביב, ירושלים, ראשון לציון, פתח תקווה, אשדוד, חולון רמת גן ועוד.
אקוויפר ההר מצוי בעומק האדמה, אומנם מבנה תת הקרקע אינו אחיד, אך ישנם מקומות בהם מאה מטרים בלבד חוצצים בים שכבת פצלי השמן לשכבת האקוויפר. שכבת הסלע המפרידה נקראת סלעי קירטון, סלע בעל מוליכות מים נמוכה. ניסיון ההפקה לא נוסו בעולם במידה מספקת ולכן אי אפשר לפסוק בוודאות כי השכבה האתימה החוצצת בין פצלי השמן לאקוויפר ההר לא תגיב לחימום. אם תיסדק שכבת הסלע החוצצת ואם ייווצר קשר הידראולי של חלחול מים משכבת פצלי השמן לשכבת מי התהום, בזמן כל שהוא במהלך הפרויקט או לאחריו, עלול להיגרם זיהום חמור של אחד מקורות השתייה העיקריים של ישראל.
כל הסכנות האפשרויות הללו, עלולות להתרחש כבר בשלב הפילוט, כלומר עוד לפני שנגשים בכלל להפקה המסחרית. ועדין, לא מתקיימים הליכים מתבקשים של תכנון ובקרה במוסדות התכנון, בהליך שקוף וגלוי לעיניי הציבור.
לא ברור כיצד יהיה ניתן לעצור בעיות שיתעוררו כתוצאה מהניסוי. לאחר שהקרקע תחומם לטמפרטורות גבוהות, ההתקררות והחזרה לטמפרטורה הטבעית לוקחת שנים. בשוודיה, אפר שנוצר כתוצאה משריפת פצלי שמן המשיך לעשן גם אחרי 30 שנה. בנוסף, זיהום של מי תהום כתוצאה מחדירת פחמימנים עלול להמשך עשרות שנים. בעומק המדובר בניסוי המוצע, פעילויות מתקנות עלולות להציב אתגרים טכניים קשים ביותר. קשה לראות כיצד יהיה אפשר לעצור את הנזק שיגרם למי התהום במידה ויקרה. יתכן מאוד שבמקרה כזה, הנזקים יהיו בלתי הפיכים.
להלן שתי דוגמאות של מהמזהמים המסוכנים שיווצרו במהלך הפרויקט
רדיונוקלאידים
נוקלידים אומנם ידועים יותר מתחום הגרעינין אך גם פצלי שמן מכילים יסודות רדיואקטיביים. בניהם גם רדיונוקלידים שנקלעו בתוך פצלי השמן לפני מיליוני שנים ועלולים להשתחרר בתהליך המיצוי וליצור זיהום רדיואקטיבי. יתכן שאותם נוקלידים ישתחררו גם אל תוך מי השפכים שיווצרו בתהליך העבודה בפרויקט. לא ברור היכן או כמה מים מזוהמים מסוג זה יוכלו לעבור טיהור הולם בישראל והאם ידוע להיכן בדיוק ניתן יהיה לסלק את אותם מזהמים מבלי לגרום לבעיות ארוכות טווח של זיהום רדיואקטיבי.
גז מתאן
מתאן הוא חומר דליק ביותר והוא אחד המרכיבים הראשיים של גז טבעי.
הוכח כי בזמן מיצוי של מתאן מתוך שכבת הפצלים בשיטה הידועה כשבירה מתאן עלול להשתחרר בזמן תהליך הקידוח וגם דרך סדקים קיימים בקרקע אם רמת האתימות אינה מספקת. במדינת ניו יורק ובצפון מערב פנסילבניה נגרם זיהום של אקוויפר מי השתיה כתוצאה ממתאן.